Мониторинг птиц, мигрирующих через территорию заповедника, госинспекторы под контролем научных исследователей ФГБУ «Заповедное Приамурье» проводят регулярно. Эти подсчёты помогают установить, принадлежит ли конкретный вид к числу редких.
Известно, что каждый сезон территория служит местом остановки и временного отдыха 45 - 50 тыс гусей и уток. Эти обитатели считаются самыми массовыми. Залетают на территорию и более редкие виды птиц.
- Чтобы способствовать увеличению популяции дальневосточного аиста установили первые в регионе металлические высокие опоры с венчающей их корзинами, - рассказала заместитель начальника научного отдела ФГБУ «Заповедное Приамурье» Ирина Никитина. - В частности, и благодаря этому, популяция дальневосточного аиста значительно увеличилось: в заповеднике и его окрестностях насчитывается порядка 35 гнезд.
По данным заповедника «Болоньский», в регионе увеличилась численность и большой белой цапли. Их подсчёт ведётся по пролётам над заповедной зоной, встречаются стаи по 80 - 100 особей. Стабильно высоким остаётся популяция орлана-белохвоста. К слову, как рассказал руководитель филиала «Болоньский» Леонид Яснев, штатных научных сотрудников в заповедной зоне нет. Чтобы провести исследования, на территорию заповедника в экспедицию приезжают сторонние специалисты РАН из различных отделений страны.
Один из значимых за последнее время проектов подготовили учёные Института водных и экологических проблем ДВО РАН под руководством Андрея Остроухова. С помощью спутниковых кадров, съёмок с квадрокоптера и исследований местности учёные разработали ландшафтную карту заповедника. Также они детально описали отдельные природные участки, на примере которых можно будет в дальнейшем отследить состояние лесов на территории.
- Это очень важно. Есть опасения, что наводнения, которые наносят урон территории уже несколько сезонов подряд, негативно скажутся на росте лиственницы, а ведь это древесное растение считается основным местом гнездования орлана-белохвоста, - уточнила Ирина Никитина.
Если предположения учёных подтвердятся, вероятно, стратегию сохранения леса на территории придётся скорректировать. 
